A partir de 2002, la institución enfrentó una sostenida caída en la matrícula, que alcanzó su punto más crítico en 2007 con un total de 195 alumnos. Frente a este escenario, se impulsó un cambio significativo en la conducción del colegio, orientado a garantizar su continuidad y revertir la tendencia descendente.
Este proceso se tradujo en un conjunto de reformas edilicias encadenadas, concebidas como parte de una estrategia integral para mejorar la calidad de la propuesta educativa y atraer nuevas familias. Cabe destacar que, hasta ese momento, la institución no había emprendido un proyecto sostenido de obras orientado a la mejora de las condiciones de enseñanza durante varias décadas: tras la culminación del edificio principal en 1959 no se habían registrado intervenciones de específicas en el número o formato de aulas. En este sentido, las obras iniciadas en los años a finales de los 2000 marcaron un punto de inflexión en la historia edilicia del colegio.
Las primeras intervenciones se centraron en la adecuación de los espacios existentes: se construyeron baños en el subsuelo, cuya planchada fue adaptada para conformar un nuevo patio destinado al nivel inicial, que pasó a ubicarse en la planta baja.
En 2008 se dio inicio a la instalación de un sistema de calefacción central en todo el edificio, mejorando sustancialmente las condiciones de habitabilidad. Al año siguiente, se comenzó a reconvertir parte del tercer piso —hasta entonces destinado a habitaciones de los sacerdotes— en nuevas aulas para cuarto de bachillerato. Este proceso de expansión continuó a partir de 2010 con la construcción de nuevas aulas hacia la zona posterior sobre la calle Silvestre Blanco, cuyas obras se extendieron hasta 2013.
Los resultados de este proceso fueron significativos. El nivel inicial, ahora con un espacio propio, experimentó un crecimiento sostenido, pasando de 28 a 136 alumnos en 2013. En primaria, la liberación de espacios permitió duplicar los grupos entre primero y cuarto año. Por su parte, secundaria logró completar progresivamente todo el trayecto educativo —objetivo alcanzado en 2012— y se acercó a los 300 estudiantes.
De este modo, la matrícula total superó los 600 alumnos y consolidó una tendencia de crecimiento sostenido, alcanzando los 877 estudiantes en 2017. Lo que comenzó como una respuesta a la crisis se transformó en un punto de inflexión que redefinió el rumbo de la institución, sentando la base identitaria de una gran comunidad y dándole formato a su crecimiento en las décadas siguientes.
